农村建房一般由自然资源局(原国土局)及其下属的规划部门管理,自然资源局管理土地,规划管理规划许可。耕地建房一般是由县级以上人民政府土地行政主管部门,也就是我们所说的国土资源局管理,也可以由乡、镇人民政府管理。